Una collina a sud-ovest dell'attuale Ordona ospita l'area archeologica con i resti della città, abitato dauno del IV-III secolo a.C. e municipium romano particolarmente importante perché punto di incrocio tra le vie Traiana, Eclanense e per Venosa. Distrutta una prima volta nel VII secolo, scomparve definitivamente nel XV con il trasferimento delle famiglie residenti nella vicina Ordona.
Gli scavi hanno portato alla luce il foro, su cui si aprivano due templi, una basilica, il mercato e il complesso termale (di questi edifici restano alcuni ruderi). Tutt'intorno tra i coltivi si individuano tratti delle mura e del piccolo anfiteatro; verso la ferrovia si nota l'acropoli, su cui si trovano i resti di costruzioni della Herdoniae medievale e da dove si scorgono i ruderi del ponte romano sull'antico alveo del Carapelle.
L’antica città romana di Herdonia, scoperta su una collina a sud- ovest dell’attuale Ordona nel 1962 dall’archeologo Joseph Mertens, è anche nota come “la Pompei della Puglia”. Fu teatro di due importanti battaglie durante la seconda guerra punica e raggiunse l’apice in età imperiale, grazie alla prossimità con l’importante Via Traiana. Sopravvissuta al periodo delle invasioni barbariche, Herdonia ospitò uno dei castelli di Federico di Svevia nel Duecento. In età tardomedievale subì un progressivo spopolamento e fu abbandonata definitivamente attorno al XIV-XV secolo. Il vero reinsediamento cominciò tra il XVII e XVIII secolo, in una zona vicina al sito dell'antica città; nacque prima un'azienda agricola di gesuiti, e successivamente sorse uno dei nuovi cinque reali siti colonici, voluti nel XVIII secolo da re Ferdinando IV di Borbone per ripopolare e riqualificare l'area agricola del tavoliere meridionale. Gli scavi archeologici hanno portato alla luce elementi significativi dell’antico insediamento: sono visibili le mura perimetrali e sul lato ovest i resti della porta principale fiancheggiata da torri quadrate, con rivestimenti in opus reticulatum. Nella zona centrale si trovano un complesso di costruzioni in laterizio e reticolato, i resti di due templi , di una basilica, del foro, di un mercato circolare e delle terme mentre a nord est troviamo i resti di un piccolo anfiteatro. All’esterno delle mura si estende una vasta necropoli in cui sono stati rinvenuti diversi esempi di ceramica dauna conservati nei musei di Foggia, Bari e Taranto. Nel 2000 gli scavi sono stati interrotti in seguito a un contenzioso tra il MiBACT e i proprietari dei terreni su cui sorge l'antica Herdoniae; nel 2014 il Ministero è riuscito ad acquisire parte della proprietà e a tutt’oggi sta cercando di acquisire il resto del terreno per continuare gli scavi. Per far sì che il luogo non cada nell’oblio un’associazione locale si occupa di organizzare nel sito rievocazioni in costume ed eventi teatrali, con artisti del calibro di Michele Placido. Ad oggi l’incuria e l’abbandono stanno gravemente danneggiando quanto era stato portato alla luce: la vegetazione si è riappropriata del luogo e gli affreschi che erano stati restaurati hanno bisogno di nuovi interventi. Per questo motivo la cittadinanza si sta mobilitando, nella speranza di sbloccare la situazione e di poter creare in futuro un Parco Archeologico dell’antica città di Herdonia.
