Il museo archeologico di Ordona è l'unico museo presente dedicato al sito archeologico di Herdonia. L’accoglienza al museo avviene nella sezione introduttiva, fra immagini di paesaggio e viste aeree del sito di Herdonia. Punto focale dell’accoglienza è il video proiettato sul piano inclinato, in cui si riassume la storia della città e del territorio dall'età daunia all'attualità e il pubblico viene invitato a visitare il museo per scoprire come è stata ricostruita questa storia. Considerata la posizione di questo supporto multimediale, il video può rappresentare anche la conclusione del percorso, a discrezione del visitatore.
L’itinerario si svolge in senso orario, iniziando dalla reception. Il pubblico prosegue in senso orario, attraverso il corridoio multimediale, dove viene proiettato un filmato lungo l’intera parete dedicato alla scoperta del sito e ai protagonisti. Il filmato termina invitando ad entrare nella grande sala per guardare gli oggetti e le storie che costituiscono la traccia materiale e ideale di 50 anni di ricerca archeologica su sito e territorio.
Il museo archeologico di Ordona è articolato in 3 sezioni: Novecento; Il territorio; La città.
Ogni sezione è dotata di: disegni e immagini, ovvero grandi pannelli con riproduzioni fotografiche, planimetrie e sezioni dagli archivi dell'Università di Foggia, pannelli esplicativi con testi brevi e a caratteri grandi e ben leggibili, vetrine con oggetti e prodotti multimediali.
Dal maggio 2020 la gestione e l'organizzazione del Museo Herma è curata dall'associazione di promozione culturale Mira con il supporto Comune di Ordona e della Soprintendenza Archeologia, belle arti e paesaggio per le province di Barletta-Andria-Trani-Foggia;
